Türkiye'nin sularında, Akdeniz ve Ege Denizi ve Marmara Adası'nda birçok mercan türü bulunmaktadır. Ayrıca Çanakkale Boğazı Türkiye mercan resifleri araştırmalarının başladığı bölge olarak bilinir. Araştırmalarda 27 farklı tür mercan tespit edilmiştir. Bu türler, denizlerimizdeki ekosistemlere büyük katkı sağlamakta ve birçok farklı canlı türü için yaşam alanı sağlamaktadır. Bu bölgede Akdeniz orijinli taş mercan olarak bilinen sert kolonisel mercan Cladacora caespitosa ve dal yapılı Altın Mercan Savalia bulunmuştur. Dardanos Cladocora caespitosa mercan resifleri Türkiye denizlerinin nadir su altı güzellikleri arasında yer alır ve bioçeşitlilik bakımından bir çok canlı türüne ev sahipliği yapmaktadır. Son yapılan araştırmalarda 2000 metre kare genişlikteki resif alanı dahilinde genç ve yetişkin 806 koloni tespit edilmiştir ve bunların 14'ünün 100 yaşının üzerinde olduğu düşünülmektedir. 2022 yılında yayımlanan bir araştırmada Dardanos mercan resifleri koruma alanında 62 omurgasız tür ilk kez rapor edilmiştir ve bunların 5'inin Türkiye denizsel faunası için yeni kayıt olduğu bildirilmiştir.
Ancak, Türkiye'nin sularında da küresel ısınmanın etkileri ve insan faaliyetleri, mercanların sağlığına ciddi bir tehdit oluşturmaktadır.